مطابق مواد 19 و 20 اساسنامه شماره 9000/8772/350 مورخ ،1403/05/28 هیئت‌مدیره عالی‌ترین رکن مدیریت و تصمیم‌گیری اجرایی کانون است که متشکل از هفت عضو اصلی و دو عضو علی‌البدل می‌باشد. به تصریح مواد ،13 14 و 19 از فصل دوم اساسنامه کانون، اعضای انتخابی هیئت‌مدیره (چهار عضو اصلی و دو عضو علی‌البدل) از سوی مجمع عمومی انتخاب می‌گردد و سه عضو باقیمانده به ترتیب از سوی رئیس مرکز حل اختلاف، رئیس کل دادگستری استان و معاون توسعه حل اختلاف استان نصب می‌شوند. مهم‌ترین وظایف هیئت‌مدیره عبارتند از: انتخاب مدیرعامل با تأیید صلاحیت از سوی مرکز، نظارت بر داوران و نهاد داوری، نظارت بر اداره امور جاری کانون وتدوین و اصلاح آیین‌نامه‌های داخلی کانون.